Orgel & Heaton Fenster im Fraumünster (© Buelipix)

Das Heaton Fenster, das grosse Fenster hinter der Orgel, wurde 1914 als Abschluss einer grossen Renovation in den Jahren 1900–1912 in Auftrag gegeben. Es stammt vom englischen (vor allem in der Schweiz und in den USA tätigen) Glasmaler Clement Heaton 1861–1940). Er fertigte diese Gläser in der mittelalterlichen Technik an.

1479/80 wurde die bestehende Orgel durch das erste bekannte zweimanualige Orgelwerk auf Zürcher Boden ersetzt. Gemäss dem Vertrag der Äbtissin Anna von Hewen (1408–1484) mit dem Orgelbauer Konrad Sittinger aus der Benediktinerabtei St. Blasien im Schwarzwald musste das Werk die Orgel des Grossmünsters in Zürich 'in Grösse und Vollkommenheit' übertreffen.
Nach 47 Jahren wurde die Orgel 1527 abgebrochen.
Zur Tausendjahrfeier 1853 erhielt das Fraumünster als erste reformierte Kirche der Stadt eine Orgel, die auf einer Empore aufgestellt wurde. 1953, anlässlich der 1100-Jahr-Feier, wurde die Orgel durch das heute bestehende Werk ersetzt (4 Manuale, 79 klingende Register, Orgelprospekt nach Entwurf von Robert Fässler).
Die Chororgel (ein 'Fernwerk') kann seit Anfang 1999 zusammen mit der grossen Orgel elektrisch gekoppelt gespielt werden, dadurch entstanden klanglichen Möglichkeiten wie Stereo-Effekt, Echo, Solo-Tutti usw.