Der Schmiedeturm in Molsheim ( altes Stadttor )

Im Jahr 820 erschien „Mollesheim“ erstmals in einer Schenkungsurkunde für Bischof Adeloch von Straßburg (Als.Dipl.179), dann in einer nachträglich beigefügten Güterliste der Bulle Papst Leos IX. von 1050, in der er dem Kloster Odilienberg Besitz bestätigte (Reg.Imp.III,+847). 1140 urkundete König Konrad III. hier (Reg.Imp.IV,184). Im Jahr 1219 erteilt Kaiser Friedrich II. der Stadt ein schriftliches Privilegium, das er ihr 1236 in erweiterter Form bestätigte.

Die in vielen anderen elsässischen Orten erfolgreiche Reformation konnte sich hier nicht durchsetzen: Molsheim wurde ein Zentrum der Rekatholisierung des Elsass. Eine erste Welle erfolgte durch die Niederlassungen der Jesuiten an den Residenzorten der Bischöfe von Straßburg in Molsheim um 1580 sowie in Basel und Pruntrut (Porrentruy) 1591. Pater Jakob Ernfelder (1544–1601), später Provinzial der Rheinischen Ordensprovinz, war ab 1580 der erste Rektor des Jesuitenkollegs Molsheim. Im Juni 1610 wurden in der Festung Molsheim 1200 Krieger des Erzherzogs Leopold von protestantischen Verbündeten belagert.

Die zweite Welle der Rekatholisierung erfolgte durch Jesuitenansiedlungen im habsburgischen Einflussgebiet, in Ensisheim 1615 und Freiburg 1620. Während die erste Welle der Herrschaftssicherung der Bischöfe in ihren Bistümern diente, zielte die zweite, propagandistisch ausgerichtete, auf eine Auswirkung im Umland. Eine besondere Rolle hatte dabei die Etablierung von jesuitischen Hochschulen als Kontrapunkt zu den protestantischen Universitäten in Straßburg und Basel gespielt, die besonders von Erzherzog Leopold V. (Österreich-Tirol), seit 1602 Bischof von Straßburg, ab 1619 auch Regent von Vorderösterreich, vorangetrieben wurde. 1617 richtete er in Molsheim eine Jesuitenakademie mit Promotionsrecht ein und brachte 1620 auch in Freiburg die Jesuiten in die Universität. Leopold hätte so die habsburgische Machtsphäre am Oberrhein durch Ansiedlung der Jesuiten gezielt ausgebaut, aber die ab 1632 einsetzenden Kriegswirren beendeten diese Bemühungen abrupt. Am Anfang des Jahres 1648 gehörte Molsheim zum bischöflich straßburgischen Amt Dachstein.

Im Jahr 1846 hatte Molsheim 3531 Einwohner. 1864 wurden zwei Eisenbahnstrecken eröffnet, die sich bei Molsbach kreuzen: eine Ost-West-Strecke von Straßburg nach Mutzig (heute französisch Ligne de Strasbourg-Ville à Saint-Dié) und eine Nord-Süd-Strecke von Wasselonne nach Barr (heute französisch Ligne de Sélestat à Saverne). Um 1900 hatte Molsheim eine evangelische und eine katholische Kirche, eine landwirtschaftliche Winterschule, ein Elektrizitätswerk und war Sitz eines Amtsgerichts.

Die Stadt gehörte von 1871 bis 1918 zum elsässischen Teil des Reichslandes Elsaß-Lothringen und damit zum Deutschen Kaiserreich; sie war Sitz des Kreises Molsheim im Bezirk Unterelsaß. Die nicht katholische Reichsführung führte u. a. zur Bildung der Elsaß-Lothringischen Zentrumspartei (ELZ).
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