El peñón de Aketxe visto desde la ermita de San Juan de Gaztelugatxe

La pequeña iglesia dedicada a la Degollación de San Juan, que permanece cerrada la mayor parte del tiempo, data del siglo X y algunos la consideran de origen templario, lo que es imposible puesto que dicha orden no fue creada hasta el año 1119, y documentos anteriores a esta fecha acreditan su existencia. En el año 1053 fue donada, por Íñigo López, señor de Vizcaya, al monasterio de San Juan de la Peña situado cerca de Jaca en Huesca.

Escalera de acceso a San Juan de Gaztelugatxe
En 1593 sufrió un ataque corsario a manos de Francis Drake en el que fue saqueada, este fue uno de los muchos incidentes que ha sufrido a lo largo de su historia donde se ha incendiado varias veces. El último el 10 de noviembre de 1978 en el que resultó destruida. Dos años más tarde, el 24 de junio de 1980 se reinauguraba nuevamente.
En la explanada e interior de la ermita se han hallado enterramientos medievales del siglo IX y XII. La jurisdicción religiosa a la que pertenece la ermita es la de la parroquia de San Pelayo de Baquio.
La ermita alberga varios exvotos de marinos que se han salvado de algún naufragio. Según una tradición una vez alcanzada la ermita hay que tocar la campana tres veces y pedir un deseo. El esfuerzo necesario para subir las escaleras, se ve ampliamente recompensado.