De acordo com a tradição local, terá sido erguida em fim do século XIII ou início do século XIV pela princesa bizantina Vataça Lascaris, em ação de graças por um suposto milagre na viagem marítima que a trouxe a Portugal, para ser dama de honra de Santa Isabel de Aragão, Rainha de Portugal.
Este primitivo templo, de modestas proporções, com uma só nave internamente, tornou-se rapidamente em destino de peregrinação. Possivelmente em ação de graças pelo sucesso da sua viagem de descoberta do caminho marítimo para a Índia, o navegador português Vasco da Gama decidiu, em 1529, reedificar aquele templo de raiz, conferindo-lhe uma dimensão maior.
A Ordem de Santiago, então em conflito com Vasco da Gama, não viu com bons olhos o projeto de reedificação, e desse modo, o então mestre da Ordem, D. Jorge de Lancastre, determinou que não fosse seguido o projeto de reconstrução, e sim que a Ordem apenas ampliasse o primitivo templo. Entretanto, apesar da autoridade daquele mestre, a ordem não foi acatada por Vasco da Gama.
Concluído o templo, com traços do estilo manuelino, foram colocadas junto do portal duas lápides que reafirmam a posição do Gama: "Esta Casa de Nossa Senhora das Salas mandou fazer o muito magnífico senhor Dom Vasco da Gama, Conde da Vidigueira, Almirante e Vice-rei das Índias".
Na passagem do século XVII para o século XVIII, o templo sofreu importantes intervenções, com destaque para a instalação, na capela-mor, de um retábulo em talha dourada.
Danificada pelo grande terramoto de 1755, sofreu nova intervenção que alterou sensivelmente a sua configuração. No início da década de 1770 foram encomendados azulejos para o revestimento do interior da igreja, formando um ciclo alusivo à vida de Maria. Nesta campanha de obras, foram acrescentados ao retábulo elementos do estilo rococó.
Até ao século XX, a ermida possuiu casas próprias para os romeiros e para moradia do ermitão. A Direcção Geral dos Edifícios e Monumentos Nacionais (DGEMN) fê-las demolir em 1961-1962.
O interior da igreja era revestido por ex-votos, oferecidas especialmente por náufragos que se acolheram à protecção de Nossa Senhora das Salas.
Encontra-se classificada como Monumento Nacional pelo Decreto nº 8518, publicado no Diário do Governo n.º 248, de 30 de Novembro de 1922, e como Zona Especial de Protecção no Diário da República n.º 128, de 4 de Junho de 1979.
Na década de 1990 sofreu intervenção de restauro.
Atualmente constitui-se num pólo da Rede de Museus da Diocese de Beja, fundado pelo Departamento do Património Histórico e Artístico da Diocese de Beja em 2004.
Fonte: pt.wikipedia.org/wiki/Igreja_de_Nossa_Senhora_das_Salvas_de_Sines
